对于亲子鉴定的是是非非，一直存在争议。许多人认为，亲子鉴定代表着中国科学技术的一个突飞猛进，而亲子鉴定带出的这些问题，却和目前整个社会婚姻状况不稳定、婚外性行为增加和非婚生子的出现有着密切的关系。从这个层面上说，亲子鉴定有其存在的必要性。然而，在一些亲子鉴定业务向社会开放的地区，越来越多的男性热衷于搞亲子鉴定，表明男权倾向严重问题日益凸现。
鉴定量多了，亲子司法鉴定所的专家却发起了愁，到了非要做鉴定的地步，结果怎样其实已并不重要。如果夫妻间丧失了基本的信任，离婚姻破裂的日子也不会太远，做鉴定前还是慎重考虑为好。“我们承受着很大的社会压力。”北京市司法鉴定中心的专家在接受记者采访时担心地说。
“一个人的忠贞，绝不是一次亲子鉴定所能承载的，其根本的解决之道，只能依赖于社会、舆论和道德防线的约束。即使婚生子女确非亲生，也不能就此重新确立抚养关系。”中国人民大学社会学系的教授周孝正在接受记者采访时表示。他还说，亲子鉴定的实际意义并不大，有可能搬起石头砸自己的脚，不管鉴定的结果如何，对双方的心灵都是一种伤害，且这种伤害将伴随终生。何况，最无辜和最受伤的其实是孩子。
“‘亲子鉴定’对于存在问题的家庭来说，的确是把‘双刃剑’，尤其是当丈夫怀疑妻子‘红杏出墙’而孩子又被证明没有问题时，对女方无疑是一种伤害。”一位法律工作者在接受记者采访时说。他还说，就法律角度而言，因此而对丈夫提起诉讼索要精神损伤、安慰费，均没有相关条款依据，况且家庭财产为夫妻双方共同拥有，即使可以，实际操作也难。
中国人民大学社会学系教授周孝正认为，亲子鉴定是一种生命科学。从社会发展史来看，“正宗”和“野生”是社会发展到一定阶段而产生的，在原始社会，母系氏族社会和父系氏族社会都不存在这种担忧和困惑。“亲子鉴定”的出现是一种进步，对“亲子鉴定”的困惑是先进文化在传播过程中与道德观念产生碰撞的体现。
